混淆不同佛教宗派确实容易造成概念上的混乱，甚至在教义对话中出现“鸡同鸭讲”的情况。真常唯心（或称真常心、如来藏系唯心思想）与上座部佛教在核心哲学上的差异非常大，几乎处于光谱的两端。

上座部以及早期佛教强调无我、无常和苦，一切法包括心识都是因缘和合、刹那生灭，并没有一个永恒不变的实体，心也只是五蕴之一，是过程性的，修行目标在于证悟涅槃，彻底止息烦恼。而真常唯心系则主要见于部分大乘经典，尤其在中国佛教如天台、华严、禅宗等受如来藏思想影响的流派中，主张有一个真常、纯净、不生不灭的心体，也就是真心、如来藏或佛性、本觉。这个心体是众生本具的“真我”或“妙明真心”，只是被妄想烦恼所覆盖，修行就是返本还源或明心见性。这种观点与早期佛教的无我教义形成了强烈的张力，有些学者甚至认为它接近常住我的倾向。

在修行目标上，上座部追求阿罗汉果，注重个人解脱，依据巴利三藏，系统地修习戒定慧三学和止观。而真常唯心系则更侧重成佛与普度众生，强调菩萨道，常采用顿悟或圆顿的教法，并突出一切众生皆有佛性的理念。

从历史和文本来看，上座部忠于早期经律论，对后来的大乘经典往往持保留或批判态度；而真常唯心思想主要源于楞伽经、涅槃经、胜鬘经等如来藏系大乘经典，在印度中后期发展起来，并在中国和东亚得到极大发挥与本土化。

正因为这些根本差异，混淆宗派就会带来不少问题。一方面，把真心常住的观念直接套用到上座部框架中，会被视为常见而违背无我；另一方面，将上座部的无我强加到禅宗的明心见性上，又容易显得过于消极。修行方法和理想的不同，也可能导致实践上的偏差或盲修瞎练。此外，不同传承的僧团或居士群体对正法的定义不同，混淆还容易引发宗派争议或自我认同的困惑。

历史上，佛教内部一直存在这种张力。印度大乘兴起时就伴随着与部派佛教的辩论，而中国佛教则常用判教的方式来调和不同经典，把它们安排在不同位阶以求圆融。但这种调和本身也常被其他宗派视为方便或不了义。

不过，不同宗派之间也并非完全无法沟通。许多认真修行的僧侣或学者，无论上座部还是大乘，在实证层面如禅定体验、戒律生活和慈悲心等方面，仍能找到共同语言。现代跨宗派对话也在增加，大家更倾向于依教奉行、求同存异。

佛教的多样性本身就是它的生命力所在，但前提是先厘清差异，而不是模糊界限。